Paraguarí está situado al suroeste de la región Oriental, entre los paralelos 25º 25’ y 26º y 30’ de latitud sur y entre los meridianos 56º 35’ y 57º 40’ de longitud oeste.

Limita al Norte con los departamentos de Cordillera y Caaguazú.

Al Sur, con el departamento de Misiones.

Al Este limita con los departamentos de Guairá y Caazapá

Al Oeste, con los departamentos Central y Ñeembucú

En este departamento se encuentran los cerros Mbatovi, Caré, Chalá, Peró y Ybycuí. También tiene cerros de menor altura como los de Pirayú, Azcurra, Verá, León, Paraguarí y Jhú.

Los afluentes de río Tebicuary desembocan en Paraguarí, así los ríos Tebicuarymí, Negro y el arroyo Mbuyapey bañan sus costas.
Otra vertiente ubicada en esta zona es la del lago Ypoá y la laguna verá, que conforman los arroyos Ca’añabé, Aguai’y.